O Programa de Salvamento de Germoplasma visa à coleta, preservação e cultivo de sementes e plantas da flora identificadas nas áreas que sofreram supressão vegetal. Após a definição da área onde serão realizadas as atividades, a HRT realiza um inventário florístico em cada local onde pretende realizar suas operações. Esse inventário documenta as espécies vegetais ali presentes, caracterizando o seu porte, diversidade, bem como o distanciamento entre os exemplares. Durante essa atividade, plântulas (plantas de pequeno porte) e sementes são cuidadosamente recolhidas e posteriormente cultivadas em estufas, o que possibilita recriar a área nativa após o fim dos trabalhos da empresa. O uso da menor extensão possível de mata na construção das bases e locações da HRT também é levado em conta em todas as operações da empresa na Bacia do Solimões.
Além de preservar o patrimônio genético da floresta, o Salvamento de Germoplasma contribui para o cultivo de espécies arbóreas nativas que são fundamentais às atividades extrativistas das populações ribeirinhas. Dentre elas, destacam-se a seringueira-verdadeira, a seringueira-vermelha, a andiroba, as copaíbas, a castanheira e a seringueira-barriguda. Adicionalmente, são cultivadas outras espécies importantes para o equilíbrio da floresta, tais como a ucuúba, a fava, as abiuranas, a massaranduba e os mata-matás.